曾元琦為國立清華大學AIMS Fellows之專任教授，並兼任清華書院院長。其研究專注於人本人工智慧（Human-Centered AI, HCAI）設計，關注 AI 系統在真實世界中如何與人協作，並致力於推動涵蓋身心健康的全人數位健康 AI發展，以及從小型團隊到大型社群之間，關於人與人、以及人與 AI 的創新協作之設計與應用。

他創立並主持 inclusive inter-intelligence Design Lab (iiiD-Lab)，以設計導向與跨領域研究方法，系統性探討 human-in-the-loop、hybrid intelligence、agency 與 ownership 等人本人工智慧的核心議題。在其研究中，AI 不被視為單純的自動化工具，而是被設計為具備角色與行動能力的 AI agents（包含單一與多代理系統），與人類共同構成混合智慧系統，以支持理解、決策、協作與責任分工，並以負責任且可理解的方式促進不同智慧形式之間的互動。

研究主題

人本人工智慧設計 (Human-Centered AI Design)
探討當 AI 參與決策與服務流程時，如何透過設計確保人類仍保有理解、介入與判斷的能力，並使責任可被清楚分配與追溯。研究重點涵蓋 human-in-the-loop 設計、適當信任、角色分工與責任導向的人–AI 協作架構。
AI Agent 與多代理協作 (AI Agents & Multi-Agent Collaboration)
研究 AI agents（特別是以大型語言模型為基礎的對話式 agents）如何介入人與人之間的溝通、協作與創新共創歷程，並在團隊與組織情境中扮演不同角色。此方向關注多代理系統中的角色配置、協調機制、人–AI–人與人–AI–AI–人之互動模式，以及人類如何理解、信任並適當依賴不同 agents。
AI 驅動的數位健康 (AI-Driven Digital Health)
探討 AI agents 如何被設計與部署於健康照護與醫療服務情境中，以支持個人健康管理、醫病溝通與臨床照護協作。研究強調人本、情境化與責任導向的設計視角，關注 AI 在實際健康場域中的可用性、可理解性、倫理責任與社會影響，而非僅止於技術效能。

這些研究方向共同關心的不是「AI 能做多少事」，而是AI 應該如何被設計，才能在真實世界中與人協作，並對個人、組織與社會產生正向影響。身為 AIMS Fellows 之核心師資，曾元琦亦積極推動以人為本的產業 AI 智慧轉型，促進研究成果於實務場域中的落地應用，並強調 AI 技術應服務於人的價值、強化組織創新與提升決策品質。

學術領導、教育與學術服務

在學術領導與教育推動方面，曾元琦現任清華書院院長，致力於打造以人本價值為核心的前瞻性學習共同體，結合創新理念、學術探索、社會連結與住宿生活，培養具備跨域思維、國際視野與社會責任感的學生。他同時擔任「創新設計學分學程」召集人，以及「清華學院學士班—創新設計組」」審召集人，在校內制度與課程層級持續推動設計導向、跨領域與人本人工智慧相關之教育發展。

在學術研究方面，曾元琦具備橫跨設計、人文與社會科學，以及互動科技與科學的跨領域學術背景，其研究成果發表於多個國際頂尖期刊與學術會議，涵蓋醫學資訊、人機互動、人工智慧、實驗與認知心理學、行為神經科學、醫學、神經學與教育科學等領域。其學術貢獻屢獲肯定，包括國立清華大學傑出人才發展基金《傑出研究獎(2025), 優秀研究獎(2026)》、受邀成為《Sigma Xi 科學研究會會員, 2024》（Sigma Xi Full Membership, 2024.June）、 ACM CSCW 2023 表彰其研究在《ACM多元性和包容性的論文貢獻獎, 2023》(2023.Oct)、國家科學及技術委員會的《吳大猷紀念獎, 2017》、‍以及 TAICHI 與其他 HCI／設計相關國際研討會多項最佳論文/海報獎

在學術服務方面，他現任國際人機互動領域頂尖期刊「International Journal of Human-Computer Studies (IJHCS) 之資深主編 (Senior Editor，自 2025 年 1 月起），並曾於 2023 年 6 月至 2024 年 12 月擔任該期刊之副主編 (Associate Editor)。其學術生涯歷經多個學科與國際研究環境，曾任職於英國倫敦大學學院互動研究中心UCLIC (訪問教授，2023年2月至2023年8月)、國立清華大學工業工程與工程管理學系 (合聘教授，2019年8月至今)、國立清華大學服務科學研究所 (副教授，2018年8月至2024年1月)、國立成功大學工業設計系(助理&副教授，2011年至2018年)、美國 SKERI視覺科學研究所(Rachel C. Atkinson Postdoctoral Fellow, 2010年至2011年)、美國伊利諾伊大學香檳分校心理學系 (博士後研究員，2008年至2010年) 以及美國耶魯大學醫學院 (訪問學者 in Professor Chiang-Shan Ray Li's Lab，2010年) 等單位。

設計哲理

曾元琦的設計理念基於科技、理工學、人文社會科學以及藝術與設計等學科的觀點、知識和方法，旨在和諧地追求在設計中實現真、善、美的完美結合。